A origem deste instrumento está nos antigos instrumentos folclóricos que ainda podem ser encontrados em diversas partes da Europa hoje, como o Czakan na Hungria (6 furos) ou a flauta dupla da antiga Iugoslávia. Muitos destes instrumentos eram feitos de tubos de bambu ou cana naturais, enquanto a flauta doce era um instrumento torneado em madeira. Foi o instrumento musical mais popular na Idade Média. Ela produz um som melodioso. Como todo instrumento musical, para ser tocado é necessário estudos das técnicas. É o mais antigo dos instrumentos da família de tubo interno. Consiste em um tubo, com buracos para sete dedos e um buraco para o dedo polegar que serve como abertura de oitava. Talvez a ilustração mais antiga e incomparável seja a de uma flauta doce que está no “The Mocking of Jesus” (posterior a 1315), um afresco da Igreja de Staro Nagoricvino na Iugoslávia. Existem várias ilustrações de tubos parecidos .
O instrumento mais antigo e completo sobrevivendo, é a chamada flauta doce de Dordrecht datada de meados do século XIII. Esta "flauta doce medieval" é caracterizada obviamente por seu corpo estreito e cilíndrico (o transcurso largo do tubo interno no meio do instrumento é responsável pela afinação e resposta sonora) A segunda flauta doce medieval mais ou menos completa e datando do século XIV foi reportado de Göttingen (norte da Alemanha) onde foi achada em uma latrina na Weender Straßer número 26 em 1987. A “flauta doce de Göttingen” faz parte da coleção do Stadtarchäologie Göttingen.
No século XV a flauta doce se desenvolveu e passou a ser chamada como a “flauta da renascença” que alcançou seu apogeu em meados do século XVI.
No século XV a flauta doce se desenvolveu e passou a ser chamada como a “flauta da renascença” que alcançou seu apogeu em meados do século XVI.